1、含义不同:“鱼龙混杂”比喻好人和坏人混杂在一起。“鱼目混珠”用来比喻以假乱真,以次充好,它适用的对象一般是物(事),不是人。
2、出处不同:“鱼龙混杂”出自唐·张志和《和渔夫词》,“鱼目混珠”出自晋·卢谌《赠刘琨》。