两种鱼的营养价值都很高，可以根据自己需要和口味选择，相对来说金枪鱼的营养价值高一点。
金枪鱼的营养价值很高，金枪鱼所含有的 DHA多达 2.877克，脂肪酸总量达 20.12克，实为“鱼中之冠”。蛋白质含量在20%以上，各种矿物质和微量元素丰富，B族维生素较高，并含有omega-3脂肪酸。从营养上说，它远远优于肉类，而且口感细腻，味道鲜美。然而，金枪鱼属于食肉鱼，富集污染的程度较高，其中汞含量往往超标。建议每两周吃一次。
旗鱼有益皮肤及器官的发育，旗鱼含有丰富的蛋白质、维生素D及烟酸等营养素，能促进人体皮肤、骨骼及其他体内各器官机能的发育。此外，旗鱼的脂肪含量较低，是极佳的减肥食品。
