这两者的区别在于以下三个方面：一是在于法定性不同。批复是公文处理工作条例中规定的15种公文文种之一，因此它属于法定文种，而批示则不是。
二是在于公文的审批对象不同。批复是上级机关答复下级机关的“请示”而使用的文种，存在上下往来的一一对应关系，即凡有“请示”必有“批复”。而批示的对象虽然也是下级机关，但可以对应不同类型的公文，如各种报告、简报甚至信息类文件，具有一定的“普适性”，对下级机关的工作具有参考、借鉴、警示或指导作用。
三是行文方式的不同。批复主送的是报送请示的单位，而批示虽然也是报送请示的单位，但范围可以扩大到更多下级单位，对下级机关工作具有“普适性”指导意义，上报文件的单位与其他下级单位并列为主送，不存在主送、抄送之分。
