1、发酵温度不够：想要做出好的纳豆发酵的温度非常重要，温度不够会导致纳豆出现不拉丝的情况，纳豆发酵的温度应根据菌种的要求，菌种有高温菌种如“成濑菌”为40-42度，低温菌种如“高桥菌”为38-40度。
2、纳豆菌活性不够：做纳豆用的纳豆发酵菌要有活性，有的纳豆菌活性很低做出来的纳豆就有可能出现不拉丝的情况。
3、菌种被污染：纳豆不拉丝有可能是由于菌种或者发酵容器被污染而导致发酵不完全，纳豆菌受到噬菌体侵蚀时，可导致发酵异常，制品黏性不强或全无黏性。为避免噬菌体的感染，应该准备不同的纳豆菌种轮换使用，适当增加菌种量，使纳豆菌在短时间内生长旺盛，以减少噬菌体的危害。
