在《名侦探柯南》中，黑衣组织主要成员：GIN，伏特加，贝尔摩德，雪莉（灰原哀），波本，科恩，基安帝；本堂瑛海（KIR）为代表的CIA与赤井秀一，茱蒂为代表的FBI都是以追查并消灭黑衣组织为最终目标的；两方虽然目标相同；但是彼此刚开始并不知道底细；因为两个势力之间隶属于不同的机构；消灭组织的原因也各有不同；甚至一开始，柯南与FBI的赤井秀一诸人合作的时候，还将本堂瑛海（KIR）列为组织的重点追查对象；后来在TV491~504《红与黑的碰撞》系列中，才得知了本堂瑛海一家的真实身份；由于共同的目标，在系列的结束，本堂瑛海与赤井秀一单方面合作（表示两方势力还没有完全信任），制造了赤井秀一假死，本堂瑛海（KIR）重新卧底会组织；在TV509中，本堂瑛海（KIR）第一次向FBI的茱蒂传递组织的最新动向；两方合作正式开始；
