女皇二年（丙申，前7705），共工氏不肯听命于女娲，欲自立为帝，女娲怒而命火正祝融率南方部族北伐共工氏。这是中国远古史上最早的一次大规模群体战争。
双方大战的结局是共工氏失败，率部族西奔，怒而袭击祭天圣地不周山（今甘肃兰州市榆中县），共工率部族攻上山顶，砍倒了天齐建木，割断了八索准绳，定表向东南倾斜，表绳断绝，八维失准，象征王权的祭天中心遭到了严重破坏。女娲又命骊连氏率族人与祝融氏族联合攻打共工氏，将共工氏一族赶往祁连山以北。
由于天齐表木遭到破坏，天象观察和天气变化的预测都不能正常进行；结果这年夏天大洪水来临，人们在毫无知觉的情况下被突然而来的洪水吞没，许多族人都葬身于大洪水中。
当时女娲等人居住在高地得以幸免。她立刻组织族人砍伐树木，绑制简易木排，下水迎救被困的人。他们奋战了三天三夜，救出了数百名青年男女，这些获救的青年都向她磕头致谢，尊称她为圣母。
女娲率族人与洪水搏斗的这段历史，后来在民间广为流传，逐渐被神化了，被演绎成了神话故事。
