1、试剂准备区：主要进行试剂的制备、分装和主反应混合液的制备。试剂和用于样品制作的材料应直接运送至该区，不得经过其它区域。试剂原材料必须贮存在本区内，并在本区内制备成所需的试剂。本区主要设备有天平、冰箱、离心机、加样器、振荡器等。
对于气流压力的控制，本区并没有严格的要求。
2、样品制备区：主要进行样品的保存、核酸(RNA、DNA)提取、贮存及其加入至扩增反应管和测定DNA的合成。本区主要设备有冰箱、生物安全柜、离心机、加样器、振荡器、恒温水浴等。
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本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。
3、扩增区：主要进行DNA扩增。此外，已制备的DNA模板 (来自样品制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂准备区)制备成反应混合液等也可在本区内进行。本区主要设备有：扩增仪、冰箱、离心机、加样器等。
本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶胶从本区漏出。
4、扩增产物分析区：扩增产物的测定。本区主要设备有酶标仪、洗板机、加样器和水浴箱等
