全自动孵化机的使用步骤通常包括以下几个环节：
1. 准备鸡蛋：选择无瑕疵、无裂纹的鸡蛋，并保证鸡蛋在入机前已经恢复到室温，需要进行预热。
2. 填充水箱：打开下部机箱并将水箱中的清水加满。一般来说，孵化期间水的保持非常重要，需每天检查并进行补充。
3. 调整孵化机的温度和湿度：根据所要孵化的动物品种和孵化期需要的温度和湿度，进行相应的调整。孵化机露台内层的水容量会影响机器内湿度。龙猫、大鼠等小动物的孵化一般保持在26-28℃，家禽孵化温度则一般在37-39℃。湿度在0-100%之间，因品种而异，例如鹅类一般要求湿度要高于鸡、鸭等家禽。
4. 安放鸡蛋：在安放鸡蛋前，先将孵化机的架子取出，将鸡蛋放入孵化机，再将架子慢慢放回去。
5. 监测孵化进程：开启孵化机，保持孵化机环境的卫生和稳定，同时每天测量温度和湿度以及鸡蛋的状态，保持充足的水源。
6. 孵化完成：等待鸟类或动物出生。
需要注意的是，全自动孵化机由于其共振噪音系统较大，其扰动会对其它电子设备造成干扰影响。同时它也需要安放在内嵌减震海绵的桌子或地面上，以保持稳正静止状态。
