自制酵素一定要保存在非金属的容器中，像塑料桶或者陶器都可以，相对来说塑料容器更理想的一些，因为它们有或以膨胀的空间，在酵素出现张力以后，也不会发生爆炸，比较安全。玻璃的容器就不具备这种特性，另外金属容器中的金属物质会与酵素中的有些成分之间发生化学反应，诱使酵素产生变质，因此绝对不能使用。
2、自制酵素的保存环境
自制酵素是不能保存在冰箱里面的，因为在低温的环境中，酵素的活性就会消失，人们食用以后也起不到应有的做用，因此把自制酵素直接保存在温暖的环境中，并进行密封保存就可以。如果家中没有暖气，冬天室内环境很低，那就尽量不要使用了，等环境温度升高以后，酵素的活性也会恢复。
