1、加盐。加盐可以阻止水藻生长。
2、遮光。无论是灯光还是太阳光都会促进水藻生长，尽量削减灯光照明时间，避开太阳光的照射。
3、引进食藻生物。像青苔鼠、虾以及玛丽之类的热带鱼都会摄食水藻。黑壳虾除藻功能普通，推荐使用於草缸处理腐败之叶片，对於小细缝及叶片上的藻类有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有带菌的问题。大和藻虾除藻功能与黑壳虾差不多，体型较黑壳虾大。虽然螺类也吃水藻，但不建议引进，因为容易失控。
4、手动清楚。缸壁上直接刷掉，加清水剂打掉水中浮游的水藻。
5、用除藻剂。使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。
