有区别。合格是针对事业单位人员的考核等次。称职是针对党政机关等使用公务员编制人员的考核等次。
根据公务员考核办法和事业单位工作人员考核办法规定,公务员考核等次分别为优秀,称职,基本称职,不称职。事业单位考核等次分别为优秀,合格,,基本合格,不合格。