优点具有优良的环保特性：生物柴油和石化柴油相比含硫量低，使用后可使二氧化硫
和硫化物排放大大减少。权威数据显示，二氧化硫和硫化物的排放量可降低约30%。
生物柴油不含对环境造成污染的芳香族化合物
，燃烧尾气对人体的损害低于石化柴油，同时具有良好的生物降解特性。和石化柴油相比，柴油车尾气中有毒有机物排放量仅为10%,颗粒物为20%，二氧化碳和一氧化碳的排放量仅为10%，排放尾气指标可达到欧洲Ⅱ号和Ⅲ号排放标准。
缺点是在生产过程中有一些缺点：在国家“不能与粮争地”、“不能与人争粮”、“不能与人争油”、“不能污染环境”的“四不”政策下，提炼生物柴油的原料只能用油料作物或者地沟油
，而地沟油的收集是一个难题。
