生物信息学一些基本的常用软件有哪些（生物信息学入门必备的编程软件）

序列拼接软件：velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity 等短序列比对软件： bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner 等局部比对软件：Blast,blat,CorssMatch 等多序列全局比对软件：Muscle,clustalw 等基因预测软件：Glimmer,GeneMark,Augustus,FgeneSH,SNAP,GeneScan,EuGENE,Glean等重复序列预测软件：RepeatMasker,TRF等聚类软件：MCL,hcluster_sg等统计软件：pLINK，TASSEL，R，SPSS等...