奥特曼格斗进化3剧情顺序如下:
第1关：《哥尔赞的逆袭》
第2关：《影的继承者》
第3关：《黑暗的支配者》
第4关：《再见了，奥特曼》
第5关：《怪兽殿下》
第6关：《移动要塞不能上浮》
第7关：《死斗！戴拿VS戴拿》
第8关：《奥特警备队向西出发》
第9关：《两大怪兽袭击东京》
第10关：《死刑！奥特五兄弟》
第11关：《超越奥特六兄弟》
第12关:《大沉没！日本列岛的最后之日！》
第13关：《MAC全灭！圆盘是生物！》
第14关：《嘲笑之眼》
第15关：《决战之日》
第16关：《高斯VS杰斯提斯 最终对决》
第17关：《世界十大据点同时侵略指令》
第18关：《怪兽标本》
第19关：《恐怖的雷德王复活宣言》
第20关：《激斗！爱迪VS赛文》
