生物在古生代初的寒武纪，终于作为有形的化石遗留下来。在大约2亿8000万年间，爆发性的进化，出现了各种各样的繁盛。原因是海水成分变化，盐分减少，海变浅也是一个主要原因。四放珊瑚、腕足类、纺锤虫等生活在海底的动物受到很大的打击。在海底，不需要很宽的生活范围的动物，在变浅的海里，要逃往深海并不是一件容易的事。松叶兰（羊齿植物，松叶兰类）生长在全世界热带、亚热带的广阔地域，日本分布在本州以南。常绿、形似松叶，故名松叶兰。空棘鱼（硬骨鱼，总鳍类）分布在非州东南海面的科摩罗群岛周围。泥盆纪时期淡水性的小型空棘鱼很多，但中生代侏罗纪时期只有海水性的，现在已适应深海环境。
中生代中生代约开始于2.5亿年前，结束于6500万年前，按先后顺序可分为三叠纪、侏罗纪和白垩纪三个纪。此时，恐龙称霸一时，一些动物重回海洋，另一些活动于空中鸟类、有袋类和有胎盘的哺乳动物开始出现。蕨类植物则日渐衰落，取而代之的是以苏铁和银杏为代表的裸子植物，后期还进化出了被子植物。
