原位杂交技术有以下几点优势：①安全、快速、灵敏度高；②探针能较长时间保存；③多色标记，简单直观；④可用于中期染色体及间期细胞的分析；⑤可应用于新鲜、冷冻或石蜡包埋标本以及穿刺物和脱落细胞等多种物质的检测。
原位杂交就是用核酸探针与基因组DNA或RNA进行碱基互补配对，在组织的原位标记目标DNA或RNA，核酸探针事先用同位素标记，因为标记物为同位素所以容易检测灵敏度高，但是同位素嘛你知道的，对人有害。
荧光原位杂交原理同上，但是标记物为荧光，对人无害，但是灵敏度不高。多彩荧光原位杂交技术也是一样，只不过采用了几种不同颜色的荧光素标记不同的探针，一次杂交可以检测多种目的基因。
因为荧光的灵敏度不如同位素高，为了提高灵敏度，就有了原位PCR。原位PCR的原理是，在基因组DNA或RNA的原位，进行PCR，使用的引物事先用荧光素标记，所以扩增出来的目的基因片段都带有荧光素，使得检测的灵敏度大幅提高。
