《法证先锋3》的大结局是这样的：
布国栋（黎耀祥饰）和锺学心（张可颐饰）以及李展风（吴卓羲饰）和凌倩儿（徐子珊饰）两对有情人都准备结婚，但在筹备婚礼的时候同时接到了有命案发生的任务，于是又匆匆赶往命案现场。
这次死的是一个小丑，他经常和布国栋的女儿布家雯（陈诗慧饰）玩，而且还是布国栋的旧街坊。他的尸体被发现在中环码头，身上有多处刀伤，而且还有一张写着“我回来了”的纸条。
布国栋等人怀疑这个案件和30年前的度假屋凶杀案有关，那是一宗涉及锺学心父母被杀的悲惨事件。他们发现小丑身上的刀伤和当年的死者一样，而且纸条上的字迹也和当年留下的字条相同。
他们追查到当年的凶手赵大龙已经死了，但他有一个儿子赵国智（陈展鹏饰），是一个精神病患者，曾经被锺学心拒绝过。他们推断赵国智可能是为了报复锺学心而杀了小丑，并且还有其他目标。
他们赶紧联系锺学心和李展风，发现他们已经到了元朗度假屋，正要举行婚礼。他们立即前往救援，却发现赵国智已经在那里等着他们，手持一把刀，准备杀死锺学心。
在一场激烈的斗争中，布国栋和李展风成功制服了赵国智，并保护了锺学心和凌倩儿。赵国智被警方带走，案件告破。
布国栋和锺学心以及李展风和凌倩儿终于可以安心地结婚，他们在度假屋举行了简单而温馨的婚礼，幸福地拥抱在一起。
