我是西安人，南京我也去过。这两个城市都是我国的文化古都，文化底蕴深厚。
①气候：西安是内陆城市比较干燥，南京地处江南，气候比较湿润。相对而言，我觉得西安的夏天比较好，南京除了夏天太热外，其他时候气候比西安好。
②经济方面：南京和西安都是我国重要的工业城市，工业基础差不多，各有千秋。但是南京位于长三角地区，区位优势很明显，发展速度比较快。但是西安是我国西部主要的工业城市，随着西部大开发的加快，西安的工业发展步伐也很快，将来西部的经济中心地位已确立。南京的消费水平比西安略微搞一点。
③国际知名度：西安和南京都是文化古都，但西安的建都史长，历史悠久，是世界四大故都之一，国际知名度高，很多国际政要、民间交流团体都把西安选择为必去的一站。你要是稍稍留心就会发现，很多的重大活动都要来西安。
④科研实力两地相当，大专院校、科研院所很多，门类很齐全。
⑤西安是全国9大区域中心之一，南京因为临近上海，风头被上海盖过。
所以，就这两个城市而言，我觉得旗鼓相当，有一拼。孰好孰坏要看你的则重点而言
