（一）二者的民事主体资格不同。门诊部是某个医疗机构的分支机构，在法律上不具有独立的民事主体资格。如果你到某个门诊部就诊出现了医疗纠纷，该门诊部不独立承担相应的民事责任，而由该门诊部的母体来承担。诊所往往是个人开办的医疗机构，具有独立的民事主体资格，如果你到某个诊所就诊出现了医疗纠纷，该诊所就能独立承担相应的民事责任。
（二）在规模上门诊部一般比诊所大。开办门诊部房屋建筑面积一般最少不低于200㎡，至少开设3个临床科室。而诊所房屋建筑面积一般不少于40㎡，开设一个临床科室即可。
（三）在技术人员上有不同的要求。开设门诊部必须有足够的医护人员，其中必须有中级以上职称的医师。而诊所只需要一名医师和一名护士即可，初级技术职称即可。
（四）在化验能力上不一样。门诊部必须开设化验室，具有一定的化验监测能力，而开设诊所没有此项要求
