首先，肯定是劳模琴酒所在的黑衣组织了，作为柯南的反派常青树，琴酒估计也是心累啊，队伍里要么是间谍，要么就是在当间谍的路上，可谓是间谍你我他，明天就到你，当然，抛开间谍不谈，琴酒的这个组织其实也是有标志性的，比如漆黑的衣服、主要成员大多数都是以酒的名字来做代号，比如伏特加、琴酒等等。
接着就是FBI了，在现实中，FBI的名字是如雷贯耳的存在，作为美国最重要的情报机构之一，在世界的名声都非常高，可在柯南的世界里面，FBI却被弱化了很多，目前登场的人数就少得可怜，目前我知道的人就只有那么三个，分别是茱蒂老师、赤井秀一以及他们两个的上司布莱克。
接着就是警视厅了，作为中央警察，警视厅的资源自然也不差，不过，目前的话，出场的角色并不多，只有那么几个，我们熟悉的，就有目暮警官、高木警官、佐藤警官以及白鸟等等，不过，作为警视厅，这群人的破案能力真的堪忧，毕竟大家看看就知道的，他们破案主要是靠柯南和小五郎的输出。
最后，就只剩下CIA和日本公安了，不同于警视厅，日本公安算得上是级别比较高的情报组织，主要负责的是渗透和情报方面的任务，安室透便是日本公安安插在黑衣组织的间谍，而CIA就更可怜了，目前CIA出场的角色只有一个叫水无怜奈的人，当然，这里也要说一下，别看各大组织之间都往黑衣组织派间谍。
