大学辅导员编制和合同的编制区别在于工作时间的长短不同。大学辅导员编制属于正式的事业单位编制,所以工作是长期性的工作时间。通常30年以上。而合同则属于临时性的工作,合同约定通常为3~5年,合同期满后可以选择不续约。工作人员也可以选择其他单位进行工作。