三步走：
1、上游尽量截排：凡是流入湖泊上游河道的污水必须通过沿河两侧管网进行认真的截留，以减少再进来的污水，如果实在有污水进来只能全部截留处理后再排湖中，这里在最下游的附近需要做一些带有强力沉沙功能的水质净化厂之类的设施。
2、清淤：尽量将底部淤泥以及污染河流底部淤泥清理干净，第一次清淤湖泊很重要。日后河底泥清淤很重要，需要多清理，这个频率需要自己确定，一般每年旱季可以清理一次。在湖泊与河道过渡区域种植必要的植物，如红树林、芦苇、香蒲等植物，可以固定化河底泥且净化底泥及水质，减缓流入湖泊速度。
3、加强湖泊水体流动性：需要让水流动起来，或者增加必要的人工水生植物”浮岛“，给湖水曝气，让溶解氧尽量多起来。
具体做法，已经很成熟了，2004年~2008年间深圳南山区西丽水库、铁岗水库就是按照这些方法治理的，提高水质。
