1、角毛藻培养尤其是室内纯培养阶段对环境要求较高，应在专用的保种室内进行，其中，培藻用的海水、营养盐、培养器皿以及操作台均需要消毒灭菌处理，需要注意的是营养盐中的维生素不能高压灭菌，常用滤膜抽滤后配制而成。
2、纯培养早期（指从试管到250mL三角瓶两个培养阶段）不充气培养，可避免充气带来的污染，培养中后期充气强度需保持适中，避免强度过大破坏藻细胞（因为其细胞壁较薄），所用气管、气石等必须经过消毒处理。
3、车间三级池培养牟氏角毛藻时，一般用质量浓度为50 g/ L 以上的漂白粉溶液全池泼洒, 浸泡6 h以上，第二天再用高锰酸钾消毒并用消毒水冲洗干净。
