选用阳光不直射、空气流通性好，土质或红砖地面的空屋作储藏室。地面垫5厘米左右稻草或麦秸，将老熟、无损伤南瓜堆上。堆放时保持挨着地面的方向向下，瓜蒂朝里瓜顶向外码成圆锥形。每堆15至20个，大型瓜不要堆得太多，防止挤压和有利于通风。初期夜间开窗通风换气白天关闭遮阳，保持室内空气新鲜、干燥和凉爽；冬季关闭门窗防寒。
架式分层储藏。储藏室内用竹木或角铁搭成分层储藏架，每层高度比南瓜高8~10厘米。每层储藏架上铺5厘米稻草或麦秸。南瓜摆放状态与堆藏相同，架式分层储藏效果优于地面储藏。
地窖低温储藏。地上铺垫5厘米厚的细沙或麦秸、稻草，堆放2层到3层瓜；也可搭架子将南瓜放在架子上。窖内温度控制在10℃左右，相对湿度保持70%到80%。储藏前要注意选好的南瓜，适期采收，不能遭受霜打，瓜蒂处保留5厘米长的瓜梗，防止机械损伤。
