区别一：含有的物质不同
蒸馏水是通过水煮沸蒸馏，冷凝而成的水，该水基本不含杂质，含极少量的离子。但对某些要求很高的实验室用水就达不到标准，需要去离子水或亚沸蒸馏水。纯净水是用离子交换树脂加上特种滤膜，去除杂质、离子而适合饮用的一种水，该水经灭菌消毒，无菌灌装，口感和卫生都达国家标准的一种饮水。
区别二：水的硬度不同
目前所说的纯净水就是经过RO逆渗透水，硬度低于20ppm(百万分之20），可以用于蓄电池补充用水。蒸馏水是通过蒸馏方法制取的水，纯度比纯净水高，硬度接近零。
区别三：用途不同
蒸馏水是在水处理过程中提取纯水程度最大的用于科技、医药等方面的水源，而纯净水是在水处理过程中适当保留一部分元素，纯水本身是活水，含有氧气及微量矿物离子，能强化人体组织及活化细胞，可直接饮用的水源。
