当大葱花蕾上的果开裂，露出黑色的种子时，就可以进行分期收获。先用剪刀将顶部的种子剪下晾晒，等花蕾底部种子也变黑后可剪下整个花球。
大葱种子采收以后，由于去掉了顶端优势，会分出侧枝，很快又会抽出花茎，再现蕾开花结籽，这些葱种最好就不要再采了，最好是掐掉花茎，让大葱多分侧枝，以供食用。
大葱种子收获以后，晾晒4–5天后即可搓粒，然后除去杂质，让风吹净秕粒，将弄干净的葱种再晾晒3–4天。注意种子不可在高温强日照下摊晾在水泥地面上，铁板上，塑料布上，以防烫伤种子。
晾干后的大葱种子，要用布袋盛放，不可用铁桶，塑料袋盛放，以免妨碍种子呼吸而降低发芽率。种子要放在干燥处保存，避免受潮发霉，也不要同化肥等存放在一起，以免影响发芽率。
