我认为是隐约知道的。
扩展知识：
甄嬛突然离开，并且以怀有身孕的宫妃身份回宫，果郡王就会有所怀疑。果郡王只要稍微留心询问，就可以了解其中的异样。
有个很关键的细节：宫中夜宴时，果郡王对甄嬛说，我为不能来救你而恨自己。甄嬛说，若那日被指认的是你，我只怕会发疯。 你看看，“那日”一共就指认了两件事，一件事是宫中偷情，一件事是六阿哥的血缘。果郡王是不可能和甄嬛在宫中做什么的，那就只剩下一件事，血缘！万一六阿哥和果郡王验证亲缘血脉，这件事情就瞒不住了。所以果郡王听到这个暗示，应该会明白，六阿哥和自己是有关联的。
六阿哥宫宴上缠着孟静娴，皇帝说这是有缘，差点要指腹为婚之类的。甄嬛赶紧掩饰：堂兄弟自是有缘的。果郡王在场，会明白甄嬛突然紧张的原因。
果郡王最后偷偷换了毒酒 ，因为他明白，宫中何等污秽，如果六阿哥变成没有娘的孩子，很难生存。而死了他这个亲爹，却是对孩子最好的保护，这样就再也无法验证他和六阿哥的血缘。于是他选择自己死，保护甄嬛和孩子。
