应用真菌学是研究真菌分类学、形态学、生理学、生态学、遗传学、病理学和免疫学等领域的学科，旨在应用真菌学的理论和方法，解决生产实践中的问题，开发新的真菌产品，提高真菌资源的利用效率。
在应用真菌学中，真菌分类学是研究真菌物种划分、命名和系统发育等问题的学科；形态学是研究真菌形态结构、生长繁殖和分布等问题的学科；生理学是研究真菌生命活动规律和代谢过程的学科；生态学是研究真菌与环境相互作用和相互影响的学科；遗传学是研究真菌遗传规律和基因组结构的学科；病理学是研究真菌引起的人和动物疾病的学科；免疫学是研究人体和动物体对真菌感染的免疫应答和免疫防御机制的学科。
应用真菌学在农业、工业、医药、环保等领域都有广泛的应用。例如，在农业上，应用真菌学可以用于研究真菌对农作物的致病性和抗性，开发新型的农业杀菌剂和生物农药；在工业上，应用真菌学可以用于研究真菌在发酵工业、食品工业和生物能源等领域的应用；在医药上，应用真菌学可以用于研究真菌的抗癌作用、免疫调节作用和治疗作用等。
