化学清除法： 使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。
生物清除法〔最佳方式〕： 使用除藻动物来控制藻类的数量，所花费时间较长，但最安全也最省力的方式。以下介绍几种常用的除藻生物。
（1.）苹果螺：除藻能力弱，且便便极多，但优点是容易繁殖，可以数量取胜。（2）白玉飞狐：吸壁鱼类的一种，体型稍大，号称能够有效清除黑毛藻。
（3）小精灵：吸壁鱼类的一种，好养，喜食清苔，为清藻鱼类中较为有效的一种。（4）琵琶鼠、黄金琵琶鼠：吸壁鱼类的一种，俗称垃圾鱼，异形的一种，生存力极强，且可在台湾溪流中繁衍，是为台湾生态浩劫的代表鱼。同时也是清藻鱼类最大的，可以长到45~60cm长，清藻功能普通，食量奇大，与清苔鼠有同样的问题，所以除藻功能会更弱，绝不建议使用此种鱼类。 （5）黑壳虾：除藻功能普通，推荐使用於草缸处理腐败之叶片，对於小细缝及叶片上的藻类有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有带菌的问题。（6）大和藻虾：除藻功能与黑壳虾差不多，体型较黑壳虾大。
