主要区别有，品种不同、形态特征不同、生境分布不同。
一、品种不同
1、黄杨木
别称冬青卫矛、正木，属无患子目、黄杨科、黄杨属、大叶黄杨种。
2、小叶黄杨木
别称瓜子黄杨，属无患子目、黄杨科、黄杨属、小叶黄杨变种。
二、形态特征不同
1、黄杨木
灌木或小乔木，高0.6-2.2米，胸径5厘米，小枝四棱形（或在末梢的小枝亚圆柱形，具钝棱和纵沟），光滑、无毛。叶革质或薄革质，卵形、椭圆状或长圆状披针形以至披针形，长4-8厘米，宽1.5-3厘米（稀披针形，长达9厘米，或菱状卵形，宽达4厘米），叶面光亮，中脉在两面均凸出，侧脉多条，与中脉成40-50度角，其余均无毛，叶柄长2-3毫米。
2、小叶黄杨木
灌木，生长低矮，枝圆柱形，有纵棱，灰白色，小枝四棱形，全面被短柔毛或外方相对两侧面无毛。叶薄革质，阔椭圆形或阔卵形，长7-10毫米，宽5-7毫米，叶面无光或光亮，侧脉明显凸出；叶柄长1-2毫米，上面被毛。
