有地理学者经过研究，指出长江断流很可能是地球板块位移造成的，学术上也称之为“呼吸运动”。支持此原因的学者认为，长江泰兴段，正好位于一处远古时期板块相撞的隆起位置，在特定的时期，隆起位置出现了破损，吸入了长江水，因此才造成长江短暂的断流。
不过这一说法很快就遭到了否定，因为无论是板块相撞还是位移，都会引发地震，可据记载，在长江两次断流时，都没有发生明显的地震，因此关于板块碰撞说并不能成立。
相比板块碰撞说，更多的学者倾向于“古裂谷”说。这部分学者经过研究认为，在中国东部沿海地区的地下，存在有一条远古时期形成的大裂谷，从北到南横跨山东、江苏两省。在大裂谷存在的地下，纵横交错分布着很多地下暗河，发生在元朝时期和1954年的长江断流事件，长江泰兴段接触到了大裂谷的地下暗河，导致江水被吞噬，因此才造成了断流。
由于江水中携带的大量泥沙，会很快将地下暗河和长江的接触堵塞，因此断流情况一般都是短暂发生，很快就会恢复如初。不过这也只是一种比较合理的解释，至于长江断流事件的真正原因，至今仍是未解之谜。
