南京故宫的现存遗迹有：
1、午门遗址
晚清时期明故宫午门，两阙残存，午门作为宫城南大门，中门只走帝后銮驾，左右侧门也只有公、侯、驸马、文官三品和武官四品以上的官员才准许出入。
其他品级只能走两阙门入，两掖门出，午门除了是官员出入之门外，还是传达圣旨及朝廷告书的地方，也是皇帝处罚大臣廷杖之地。
2、奉天门遗址
奉天门始建于1366年，从午门入，过内五龙桥，便是奉天门，门内为奉天殿。奉天门遗址东西长58米，南北宽30米。
奉天门是皇帝接见大臣议事的地方，即御门听政之所。永乐初，明成祖朱棣曾在此举行国宴接见过渤泥国王一行。
3、东华门遗址
与西华门相对应的东华门，是现在南京明代宫城仅存的一座城门。东华门过去长期被南京冶金器材厂圈占，成了一个垃圾堆，一般人根本无从知道。随着东华门遗址公园的建成，大家终于可以一睹东华门的雄姿。
4、玄津桥遗址
玄津桥在中山东路逸仙桥南，为三孔石拱桥，长41.6米，宽19.1米，始建于明初时，玄津桥原桥面、桥栏两端各有一对石狮。
明末桥两侧还建有游廊。1981年桥面改沥青路面，桥栏用水泥补砌。玄津桥在明初为皇城西华门出入要道，跨古杨吴城壕。清代为避康熙帝玄烨之讳，改为元津桥。
5、西华门遗址
西安门遗址，与西安门在东西一条中轴线上。2001年，在此施工的单位无意中挖掘出西华门的遗址，仅存三座门券的须弥座和砖石路面，这使得西安门被长期以来被误传为西华门的现象彻底被证实。
