皖南事变的发生，有着深刻复杂的历史背景。从客观上讲，是国民党自抗战以来推行消极抗日、积极反共政策的必然结果，这个主要原因是毫无疑义的，绝不是有的学者认为是八路军、新四军发动了苏北曹甸战役，共产党“得陇望蜀”，错误在先引发的。从主观上讲，则是由于中共对形势判断的过于乐观和皖南新四军军事行动部署不周、指挥不力等原因造成的。
皖南事变的发生，根源在于国民党蓄意制造、精心策划的反共阴谋，在抗日战争中限制和消灭中国共产党及其武装，是国民党的既定方针，是第二次国内战争的延续。1937年夏，日本军国主义者发动的全面侵华战争，危及到整个中华民族的生存，终于把国民党和共产党两个老对手带到了守土抗战的同一条船上，国共两党分别调整了各自的政策，达成统一合作协议，共渡劫难。
在抗日民族统一战线的旗帜下，国民党军在正面战场节节阻敌，八路军和新四军则迅速开赴敌后作战，配合正面战场。两个战场互相配合、互相依存，分别牵制着大量日军，使日本侵略者处于腹背受敌的境地。国民党当局对八路军、新四军也屡有嘉勉，正如陈毅所说：“上峰前后嘉奖电文数十余通，即顾祝同、上官云相等亦俯首帖耳，甘拜下风，屡电驰贺者再，此固事实之昭然，非可以浮词粉饰者也”。
但是，对抗战中日益发展壮大的中共武装，蒋介石始终心存忌惮，不断谋划对策，不仅纵容一部分顽固反共势力制造磨擦，而且积极筹划和鼓动更大规模的反共行动。蒋介石当初同意实行第二次国共合作，完全是形势所逼，大势所趋。
