（1） 化学方法：如加入硫酸铜杀藻、加入铁盐或铝盐絮凝剂促进磷沉积，加入石灰除磷等措施，但往往加药量大，处理成本高，且易造成二次污染，如加药控制不当可能对整个水生态造成毁灭性的不利影响。
（2） 物理方法：如疏挖底泥、机械分离过滤除藻、引水稀释、曝气增氧等方法，但处理程度低，工程量大，且往往治标不治本，难以从根本上实现水体生态恢复。
（3） 生物方法：如放养噬藻型水生动物、投加微生物净水剂、种植水生植物等，具有污染物原位降解、对周围环境干扰少、成本低等优点。但生物法可能会存在引入新物种的生态风险，也会存在因水生生物死亡后处理不及时造成二次污染，加剧水体富营养化污染的可能性。
（4） 生态方法：在生物方法的基础上融合了物理、化学作用，比较常见的如构建人工湿地、生态浮岛等，具有水质净化和生态修复之双重功效。生态方法处理效果稳定，不产生二次污染，可实现生态修复，做到标本兼治。生态方法是当前国内外水体污染治理与生态修复的研究开发热点。
