1、细菌屋应放在过滤盒中，使水流经过滤盒时得到过滤和净化，同时有利于培养硝化细菌；
细菌屋一般是放在过滤盒中，而不是直接放进鱼缸里，因为它是烧制而成，直接放进鱼缸可能会散发一些有害物质，应先清洗干净，再放进滤盒，才能达到培养硝化细菌的目的。
2、细菌屋也是一种滤材，应放在过滤棉的下面、生化棉的上面；
过滤盒中的滤材应分层放置，最下面放生化棉，然后放细菌屋，最上面则放过滤棉，这样在水流经过滤盒时，过滤棉先将杂质和污垢过滤掉，细菌屋再为硝化细菌提供附着环境。
3、清洗细菌屋时不要一次性全都清洗，每次洗四分之一，以免附着的硝化细菌被冲走。
使用了一段时间的细菌屋，会附着大量的硝化细菌，每次清洗时，只洗四分之一，不要一次性全都洗一遍，不然会导致硝化细菌流失。
