1、宗人府
掌管明朝皇帝九族的宗族名册，并按时撰写帝王谱系，记录宗室成员子女的嫡庶、名称封号、嗣职袭位、生卒年间、婚嫁、丧葬谥号等事。凡是宗室陈述请求，均为之向皇上汇报，并引荐贤才、记录得失等。明朝洪武三年，设立大宗正院。
洪武二十二年，改名宗人府，并命亲王掌管，秦王朱樉为第一任宗人令。此后，均以元勋外戚大臣兼领，不再专设官员，其负责事务转移至礼部。
2、三公
三公，即明朝的太师、太傅、太保三职的合称，正一品。负责协助皇帝处理重要国事政务，职位至重。洪武三年，明太祖朱元璋授李善长为太师、徐达为太傅、常遇春为太保。建文年间，三公职位被撤。直到永乐二十年八月，明成祖朱棣再恢复三公职位，但无实授。
宣德三年，明宣宗授英国公张辅为太师，沐晟为太傅，陈懋为太保，当时三公官职，几乎为专授。自宣德、正统年间以后，三公成为虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。
3、中书省
明朝中书省，为明朝初期至洪武十三年（1380年）期间的行政中枢。其中丞相为明朝中书省的最高级长官，负责统领六部。明初沿袭元朝制度，设立中书省，置左、右丞相。甲辰正月，初置左、右相国，其中李善长为右相国，徐达为左相国。
吴元年，改右相国为左相国，左相国为右相国。洪武元年，改为左、右丞相。由中书省统六部，但不设置中书令。洪武十三年（1380年），胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。
4、明朝内阁
明朝内阁，为明成祖首先确立。乃是明朝建文四年（1402年）至崇祯十七年（1644年）的皇帝咨政机构，此后权力逐渐增大，后形成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。明太祖废除宰相。
起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，大学士均因有太子经师的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数咨询大学士杨士奇的看法而决定。
虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其还远不如杨士奇等内阁成员得以亲自接见。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部。
5、六部
明朝中书省时期，七卿长官均为正三品。洪武十三年，朱元璋罢中书，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各设尚书、侍郎一人。
六部包括吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，其所属最高长官为明朝吏部尚书、明朝户部尚书、明朝礼部尚书、明朝兵部尚书、明朝刑部尚书、明朝工部尚书，其常常与都察院之都御史、通政使司之通政使、大理寺之大理寺卿合称“九卿”。
明朝时，重臣任择须由九卿及外省巡抚、总督公开举荐，此为廷推。各部司不能单独决定的国家大事、要事，须经九卿公决，此为廷议。而由三法司无法决定的大型狱讼，以由九卿开会定狱，此为廷鞠或园审。其与明朝内阁构成了明朝的行政权力中心与决策核心。
