柠条锦鸡儿的有性繁殖能力很强，结实率高，繁殖种子容易。播种后一般在第四至六年就能开花结实。在一年中开花期较早，开花与温度和光照等生态因素关系密切。温度高、光照强时开花较多，开放也快。在一天内以下午2时左右开放最多，晚上10时到翌日早上7时之间则不见开放。
开花结实的多少一方面受其结实年龄、群落郁闲度等因素影响；另一方面也有周期性。一般有丰年、平年和歉年之分，间隔时间约为1～2年。种子成熟时荚果易开裂，种子落地若遇雨季，被沙埋4～5d，即可出苗。种子寿命短，在贮存条件下，到第三年发芽率显著下降，仅为正常发芽率的30%～40%，到第四年只有极少数能发芽或全部失去发芽能力。同时种子易受柠条豆象、柠条小蜂和柠条象鼻虫等危害。
