鲥鱼消失的原因有三：一是过度捕捞，二是产卵环境遭到破坏，三是人工繁殖未能起效。
原长江水产研究所研究员、专门从事过鲥鱼繁殖研究的邱顺林告诉记者：“按照长江鲥鱼生长规律，鲥鱼种群达到一定数量，且母鱼与公鱼比例为1：2或1：3时，繁殖数量和质量才为最佳。当鲥鱼群体少于1000条后，繁殖能力会非常差。在1982年，他观测就发现长江鲥鱼的数量急剧下降，母鱼与公鱼的比例为1 ：5、1：6，甚至达到1：7，这意味着鲥鱼的繁殖能力也大大降低了。”
此外，长江鲥鱼在洄游时候要经历层层的“截杀”和众多的渔网，最终成功洄游的数量少之又少，长江鲥鱼后来的消失也在意料之中了。
其次，由于长江上游大量修建大坝和发电站，切断了长江鲥鱼的洄游通道，让它们没有办法找到合适的生产环境，后代自然就会越来越少。就如，长江上游的万安电站建成后，长江水被截留，不仅改变了湍急的水流，而且水温也下降了10摄氏度，长江鲥鱼没有办法在这样的环境下繁育。而且，对于长江鲥鱼这种“固执”的鱼类而言，洄游路线是固定的，无法洄游到长江也让它们没有办法繁衍下去。
最后，人工繁育未能成功也是长江鲥鱼消失的原因。人工繁育的长江鲥鱼无法适应野外的环境，死亡率很高。加上，现在人工繁殖上还面临无法找到成年长江鲥鱼来繁育的问题。
报道说，为了恢复长江鲥鱼，鱼类生物学家、中科院院士曹文宣等专家给出了下面两个建议：一是水坝上修建水道，二是延长休渔期。专家认为，修建水道可以为长江鲥鱼洄游提供可能，让它们顺利回到出生地，从而成功成产。第二就是延长休渔期至10年。由于过度的捕捞，长江鲥鱼的数量才会失衡，才会出现功能性的消失，因此只有让长江鲥鱼得到适当的修养，数量才会上升，种群才会恢复。
