1、菌种不纯：纯菌种菌丝应呈白色，瓶边能见到淡灰色孢子，菌丝茂密无倒毛，有清香气。不纯的菌种菌丝发黄或有倒毛，有氨臭气。使用不纯的菌种，在前发酵期内容易产生气泡。
2、豆腐坯含水量过多：成型过程中品温太低，压块时水分难于挤出，豆腐坯水分在75%以上；在接种前，豆腐坯表面未吹干，接种时表面喷洒溶液有过多，造成豆腐坯和表面水分均过大，容易生长杂菌而产生气泡。
3、含渣过多：原料豆磨浆过细，一些纤维等不溶性成分过滤到豆浆中，随点浆凝聚而混合在豆腐中。
4、豆腐坯的数量不适当：冷天笼格堆桩数量可多些，当气温转暖时，笼格堆放数量应减少。
