清华和北大在行政级别上是平级，都是副部级，两所大学的党委书记、校长的行政级别都是副部级干部，由中共中央、国务院任命。
北京大学、清华大学属于副部级（高校高配型），是《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》明文规定的，两所大学都是教育部直属，什么事都和教育部直接联系在一起，清华大学以工科为主，许多专业在国内位居第一，如机械制造、电力工程、水利工程等，北京大学是综合大学，以文理为主，许多专业在国内也是第一，如中文专业、数学作业等。
但是，从两所学校的录取分数线比较来看，清华大学占优势的省份更多，通常，招生人数多少会影响录取的最低分数，招生人数越多，录取的最低分数就越低，因此，一般来说，清华文科各省的档案线更高，北大理科各省的档案线更高。
