功能型组织结构的优点是直线管理，一级对一级负责，责权分明，机制简化，号令统一，便于统一管理，提高了
内部专业化程度。同时该结构使得决策权掌握在最高层管理者的手中。另外，该组织结构节省成本，减少人事方面的复杂性，而且中、高层有专人负责。功能型组织结构的缺点是各个部门横向联系薄弱并导致各个职能的成员注重部门目标而不是企业的整体目标。若沟通不利则导致部门间的矛盾，并使工作效率受到影响。由于高层负担较重而忽视战略问题也是该组织结构的一个不足之处。
结构形式
功能型组织结构的形式主要是以专业功能约束下级层次部门和同级层次的业务活动，有时对上级层次也有约束作用。这种形式有别于直线型组织机构的以权力指挥和控制下级部门。这种组织结构一般出现于社会团体和组织内部，如国家各行业部门，各种协会、企业、学校内部的人事、财务等功能部门。
功能型组织结构的中间层(也可称作执行层)是若干不同功能的机构，它们向下级层次各部门(也可向同一层和上层部门)提供不同功能的服务，而不以行政命令指挥和控制。下级单位接受来自多个不同功能部门的命令，这是命令的多源性。这种组织结构不能单独构成，如企业、项目组织、学校等实体组织。
