一、科目分类不同：
1、大青鱼
大青鱼，是鲈形目、鲭科、鲐属鱼类。
2、棍子鱼
棍子鱼一般指假鳡鱼，是鲤形目、鲤科、似鳡属鱼类。
二、形态特征不同：
1、大青鱼
体粗壮微扁，呈纺锤形，头大、前端细尖似圆锥形，眼大位高，口大，上下颌等长，各具一行细牙，犁骨和胯骨有牙。体被细小圆鳞，体背呈青黑色或深蓝色，体两侧胸鳍水平线以上有不规则的深蓝色虫蚀纹。腹部白而略带黄色。
2、棍子鱼
体细长，稍侧扁，头长大与体高。吻尖，口大，端位，口裂宽敞且平直。上下颌等长，其末端向后延伸达眼前缘的下方；下颌前端内侧有一坚硬突起。无须，眼大，鳃裂大，鳞甚细小。体银白色，背部灰黑；侧线及侧线以上2-3行鳞片上有黑点，相互连成一纵黑色宽带纹。
三、生境分布不同：
1、大青鱼
为海洋洄游性上层鱼类，分布于北太平洋西部，中国、朝鲜、日本及俄罗斯远东地区，最北可达鄂霍次克海。
2、棍子鱼
主要生活在有一定流速的江河、湖泊中，为中上层鱼类。分布于广西，贵州南部以及云南东部的南盘江水系。
