1、外观不同
柳根鱼体型修长，侧扁，体背侧灰黑色，腹部白色，背部正中有隐约黑条纹，有的种类体侧有许多不规则的黑色小斑点，尾鳍基有一黑色斑点。
穿钉子鱼体细长，稍侧扁，尾柄较长，腹部圆。头小而略尖，上下略平扁。吻略尖而突出。眼大，眼间隔宽平。口小，上位，口裂近乎垂直，下颌较上颌为长。
2、生活习性不同
柳根鱼喜集群活动，适宜温度10～25℃，多栖息于水温较低、水质清澈的小河和山涧溪流中。柳根鱼为杂食性鱼类，在野生环境下多以飞虫、水生生物和水藻为食，驯化后可摄食人工配合饲料。
穿钉子鱼为小型淡水鱼类。常生活于缓静较浅水区。为平地河川、湖泊及沟渠中常见的小型鱼类。小稚鱼以轮虫等为食，体长约25毫米时即改食枝角类摇蚊幼虫及孑孓等。耐寒力及对水的酸碱度适应力很强。
