1、品级不同
巡抚：巡抚为从二品官，凡加兵部待郎衔者为正二品。
总督：总督在清代为地方最高级长官，正二品（若加尚书衔者为从一品），位在从二品的巡抚之上，管辖一省或多省。各省总督依例均有兼衔，雍正元年（公元1723年）规定，除授为尚书例兼都察院右都御史外，其余各省总督，俱为兵部右侍郎兼都察院右副都御史。
2、职掌不同
巡抚：明代巡抚拥有一省行政、军事、监察、司法等各项权力，与总督同为地方最高长官；清代巡抚掌本省军政、民政、吏治、刑狱、关税、漕政等。
总督：与只掌握一省行政事务的巡抚不同，总督兼管数省，同时在政务之外也兼掌军务与经济。有直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、东三省总督和陕甘总督。此外明清也有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。
3、初设朝代不同
巡抚：南北朝时期就有“巡抚”之名，在南北朝时期，巡抚就已经初步具备了军事与民事这两项职能。
总督：正统六年（1441年）正月，明廷用兵麓川（今云南陇川西南），兵部尚书王骥主其事，首次以总督军务入衔。
