以基因型不同的果树种或品种进行交配或结合长成杂种，通过培育选择，获得新品种的方法。杂交育种是选育新品种主要途径，是近代育种工作最重要的方法。由于杂交引起基因重组，后代会出现组合双亲控制的优良性状基因型，产生加性效应，并利用某些基因互作，形成具超亲类型新个体，为培育选择提供了物质基础。杂种后代群体，通过培育、鉴定、选择等步骤，获得优良单系，再经过无性繁殖就形成新品种。
杂交育种按性质可分为有性杂交育种和无性杂交育种。在有性杂交育种中，根据亲缘关系的远近，又可分为品种间杂交和远缘杂交。一般杂交育种是指品种间杂交育种。按育种不同要求可采用简单杂交，回交和复式杂交等方式。
杂交育种主要考虑亲本应具有重要目标性状的基因，选择育种值大的性状。考虑亲本间性状基因互补，选生态地理上相距远的双亲配合力高的作亲本并配制组合等。
