6号线票价与已开通运营的其他线路保持一致，采用里程分段计价票制，票价区间为2元-7元，经测算全线网单程最高票价也仅10元。各车站均公示本站至其他车站的票价。
按照《福州市物价局关于我市地铁票价等相关事项的通知》，我市地铁票价实行里程分段计价票制——
起步价：起步价5公里(含)2元
里程价：超过5公里后，5-15公里(含)，按每5公里加收1元计价(不足5公里按5公里计价)
15～29公里(含)：15-29公里(含)，按每7公里加收1元计价(不足7公里按7公里计价)
29公里以上：29公里以上，按每9公里加收1元计价(不足9公里按9公里计价)
