第一期第一批9所为（C9）：
1、北京大学
2、清华大学
3、中国科学技术大学
4、南京大学
5、复旦大学
6、上海交通大学
7、西安交通大学
8、浙江大学
9、哈尔滨工业大学
985一期工程第二批高校分别是：
1、北京理工大学
2、南开大学
3、天津大学
4、东南大学
5、武汉大学
6、华中科技大学
7、吉林大学
8、厦门大学
9、山东大学
10、中国海洋大学
11、湖南大学
12、中南大学
13、大连理工大学
14、北京航空航天大学
15、重庆大学
16、四川大学
17、电子科技大学
18、中山大学
19、华南理工大学
20、兰州大学
21、西北工业大学
22、东北大学
23、同济大学
24、北京师范大学
25、中国人民大学
26、中国农业大学
985工程二期建设共4所高校分别是：
1、国防科学技术大学
2、中央民族大学
3、华东师范大学
