第一，学科专业不一样。清华大学侧重于工科专业，北京大学侧重于理科、文科专业，这是清华大学和北京大学最大的区别所在。
从清华大学入选国家世界一流学科建设的学科情况来看，绝大部分专业都是工科专业，而北京大学的专业有不少是文科专业的。
虽然清华大学和北京大学都有理科的专业，而且理科专业都很强，但是相比之下，清华大学的理科与北京大学的理科有所不同，清华大学侧重于应用研究，而北京大学侧重于基础研究，例如北京大学的数学学科。
正是由于清华大学北京大学两校在学科上的不一样，所以清华大学往往被归于理工科类的大学类别，而北京大学则相对显得更为综合性一些
第二，学校排名不一样。无论是从国际排名还是从国内各大排行榜来看，清华大学的排名要高于北京大学。
之所以清华大学的排名要高于北京大学，主要是因为清华大学侧重于工科，有很多应用型的学科，这些学科容易发表高水平论文，在国际上的影响因子更大，因此在排名上更有竞争力和说服力
这主要是跟排名有一定的关联，这说明排名还是能够影响学校社会声誉的。
第三，学校录取分数不一样。一般情况下，由于清华大学招生规模要显著少于北京大学，因此清华大学的录取分数要比北京大学更高一些。
