轮藻分布较广，在淡水、半咸水中均能找到，尤以稻田、沼泽、湖泊中常见，在一些透明度高的瘦水池塘中也经常发生，特别是那些经常用生石灰清塘而富含钙质的硬水中，更容易大量繁殖，这类底栖藻类除光合产氧对改善水质有一定作用外，很难被鱼类取食和利用，没有更多的渔业价值。
轮藻一般作为植物生理学或细胞学的实验材料，也有的作饲料、肥料、药用。有的还发现轮藻能杀蚊子幼虫和净化污水。在世界范围内除了南极洲外的各大洲都有分布，温带最多。大多在低地生长，但在4000m以上的高山湖泊中也能生存。
多数种类是广温性的，即能在冷水中生长、也能在高温的温泉中生存；少数种是狭温性的，如丽藻属的多数种只能在冬季水温较低的水域中生存。
