香港和澳门区旗的来历分别如下：
香港区旗：香港区旗是以白色为底色，旗面中央为香港特别行政区区徽，象征香港与祖国的密切关系。区徽呈“花钟”形状，象征香港的繁荣、和谐和富裕。钟的顶部是五个金色的五角星，代表中华人民共和国的五个民族，同时也寓意着“爱国、团结、互助、进步、民主”的五个原则。
澳门区旗：澳门区旗是以绿色为底色，旗面中央为澳门特别行政区区徽。区徽为一个图案由五组不同的元素组成，分别为东方明珠、中华白海豚、澳门海事局船旗、葡萄酒杯、澳门的轮廓线。这五个元素分别代表澳门的文化、生态、经济、旅游和澳门特别行政区政府的管理等方面。
